Jednostki, którym udzielono dotacji ze środków unijnych, są zobligowane do prowadzenia wyodrębnionej ewidencji księgowej tych środków oraz dokonywanych z nich wydatków. Dla przypomnienia należy wskazać, że jednym z podstawowych przepisów regulujących kwestie prowadzenia wyodrębnionej ewidencji księgowej jest rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1303/2013 z dnia 17 grudnia 2013 r. ustanawiające wspólne przepisy dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności, Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego (dalej: rozporządzenie ogólne). Zgodnie z art. 125 ust. 4 lit. b tego rozporządzenia instytucja zarządzająca odpowiada za to, żeby beneficjenci dla wszystkich operacji finansowanych z dotacji prowadzili oddzielny system księgowości albo stosowali odpowiedni kod księgowy.
Zapewnienie oddzielnego systemu rachunkowości lub kodu księgowego oznacza obowiązek prowadzenia odrębnej ewidencji w ramach już prowadzonych przez daną jednostkę ksiąg rachunkowych (nie mogą to być odrębne księgi rachunkowe).
Wyodrębnienie operacji związanych z otrzymaniem i wykorzystaniem funduszy europejskich polega przede wszystkim na wprowadzeniu odpowiednich zapisów do polityki rachunkowości beneficjenta. Ponadto – w przypadku prowadzenia wyodrębnionej ewidencji księgowej w postaci oddzielnego systemu księgowego – należy wprowadzić do zakładowego planu kont dodatkowe, odrębne konta syntetyczne, analityczne lub pozabilansowe. Konta te powinny zostać wprowadzone w takim układzie, aby możliwe było spełnienie wymagań w zakresie kontroli wykorzystania ujmowanych środków.
Pierwszym sposobem prowadzenia wyodrębnionej księgowości jest założenie dodatkowych kont księgowych do posiadanej ewidencji. Wyodrębniona ewidencja księgowa prowadzona tą metodą przybiera jedną z poniższych postaci:
1) wprowadzenie dodatkowych kont syntetycznych;
2) wprowadzenie dodatkowych kont analitycznych;
3) metoda mieszana – częściowo konta syntetyczne, częściowo analityczne;
4) wprowadzenie kont pozabilansowych.
W jednostkach sektora finansów publicznych (dalej: jsfp) księgowe wyodrębnienie operacji jest dodatkowo wymuszone przez rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 2 marca 2010 r. w sprawie szczegółowej klasyfikacji dochodów, wydatków, przychodów i rozchodów oraz środków pochodzących ze źródeł zagranicznych. Zgodnie z tym rozporządzeniem jednostki są zobligowane do stosowania – po trzycyfrowych oznaczeniach paragrafów, które są elementem kont analitycznych – czwartej cyfry:
[...]
Autorka jest księgową, analitykiem finansowym i doświadczonym szkoleniowcem z zakresu finansów i prowadzenia księgowości w jsfp.