Zasady przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków unijnych, uregulowane od 2 września 2017 r. w art. 66a ufp, wywołują wiele wątpliwości, w tym związanych ze słusznością przyjętych w tym przepisie rozwiązań.
Należy zacząć od tego, że przedawnienie jest instytucją gwarancyjną dla zobowiązanego (dłużnika). Jeśli właściwa instytucja zarządzająca programem (względnie inna instytucja z jej upoważnienia) nie dokona określonych czynności prowadzących do odzyskania nieprawidłowo wykorzystanych lub pobranych środków unijnych, to beneficjent tych środków nie będzie już zobowiązany ich zwracać (ze względu na przedawnienie należności), a właściwa instytucja nie będzie mogła ich skutecznie odzyskać. Wizja przedawnienia należności powinna zatem działać mobilizująco na właściwe instytucje – motywować je do odzyskiwania środków na tyle efektywnie, aby do przedawnienia należności nie dochodziło.
Tymczasem przepisy zostały skonstruowane przez ustawodawcę w ten sposób, że nie tylko nie mobilizują wspomnianych instytucji do efektywnego działania, ale wręcz pozwalają na przeniesienie negatywnych skutków ich zaniechań na beneficjentów. Skoro bowiem zgodnie z art. 66a ust. 1 pkt 1 ufp zobowiązanie do zwrotu środków unijnych przedawnia się z upływem 5 lat od dnia, w którym decyzja określona w art. 207 ufp (wskazująca m.in. kwotę przypadającą do zwrotu) stała się ostateczna, to właściwa instytucja może się nie śpieszyć z jej wydaniem. Każde takie opóźnienie działa wprost na niekorzyść beneficjenta, ponieważ odsetki (ustalane jak dla zaległości podatkowych) są naliczane od dnia przekazania mu środków.